dharmacon CRISPR Guide RNA

CRISPR指南RNA

用于靶向基因敲除的慢病毒和合成試劑

指導(dǎo)RNAs程序Cas9核酸酶切割特定的基因組位置。設(shè)計(jì)有效的功能性指導(dǎo)RNA對(duì)于實(shí)現(xiàn)有效的基因敲除至關(guān)重要。

了解指導(dǎo)RNA產(chǎn)品的更多信息

• 合成的crRNA

  預(yù)先設(shè)計(jì)或定制合成，用于跨越許多基因的快速敲除研究

• 慢病毒sgRNA

  預(yù)先設(shè)計(jì)或定制的sgRNA作為甘油儲(chǔ)備和高滴度純化的慢病毒顆粒，用于小規(guī)模和大規(guī)模研究

• 合成sgRNA

  用于CRISPR-Cas9基因編輯的定制單指導(dǎo)RNA寡核苷酸

• 所有Edit-R預(yù)先設(shè)計(jì)的指導(dǎo)RNA（合成的crRNA和慢病毒sgRNA）都設(shè)計(jì)有經(jīng)過驗(yàn)證的算法，以提高功能性敲除的可能性，而不僅僅是雙鏈斷裂（DSB）。通過評(píng)估數(shù)千種設(shè)計(jì)的功能表型，然后在其他測(cè)定系統(tǒng)中驗(yàn)證我們的設(shè)計(jì)規(guī)則，我們建立了確定更有可能提供特異性切割和功能性敲除的靶位點(diǎn)的規(guī)則。

  可以使用CRISPR設(shè)計(jì)工具為任何序列定制設(shè)計(jì)Edit-R合成sgRNA和crRNA 。

  CRISPR-Cas9系統(tǒng)中的指導(dǎo)RNA

  除了表達(dá)Cas9核酸酶之外，CRISPR-Cas9系統(tǒng)還需要特定的RNA部分來(lái)募集和指導(dǎo)核酸酶活性。這些指導(dǎo)RNA采用以下兩種形式之一：

  • 長(zhǎng)化學(xué)合成的反式激活CRISPR RNA（tracrRNA）加上化學(xué)合成的CRISPR RNA（crRNA），用于切割感興趣的基因靶位點(diǎn)（圖1a）
  • -要么-
  • 合成或表達(dá)的單一指導(dǎo)RNA（sgRNA），由crRNA和tracrRNA組成，作為單一構(gòu)建體（圖1b）
  

  圖1a。由crRNA編程的Cas9核酸酶的插圖：tracr復(fù)合物切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

  

  圖1b。由sgRNA復(fù)合物編程的Cas9核酸酶的插圖切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

RISPR指南RNA產(chǎn)品

合成指導(dǎo)RNA

• Edit-R預(yù)先設(shè)計(jì)的crRNA

  保證編輯你的目標(biāo)！算法優(yōu)化的crRNA，用于人類，小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。核酸酶抗性的修飾改善了無(wú)DNA編輯。只需搜索您的基因！

• Edit-R tracrRNA

  Edit-R反式激活CRISPR RNA（tracrRNA）是合成的，HPLC純化的長(zhǎng)RNA，需要與Edit-R crRNA一起使用以形成編程Cas9核酸酶的復(fù)合物。它經(jīng)過核酸酶抗性修飾，可與修飾或未修飾的Edit-R crRNA一起使用。

• Edit-R合成sgRNA

  定制合成100-mer單指導(dǎo)RNA，輸入您自己的設(shè)計(jì)或使用我們靈活的設(shè)計(jì)工具

• Edit-R合成陽(yáng)性crRNA控制和檢測(cè)引物

  針對(duì)特征良好的基因的物種特異性crRNA，以及錯(cuò)配檢測(cè)分析引物，以確定基因編輯條件對(duì)大效率的有效性。

• Edit-R合成crRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  非靶向?qū)φ找栽谌狈虬刑禺愋詂rRNA的情況下評(píng)估對(duì)CRISPR-Cas9組分的細(xì)胞應(yīng)答。

• Edit-R crRNA文庫(kù)

  用于陣列敲除篩選的流行基因家族的預(yù)定義集合

• 櫻桃挑選圖書館

  有一個(gè)喜歡的基因列表？定制并訂購(gòu)預(yù)先設(shè)計(jì)的crRNA板，用于您感興趣的目標(biāo)中的敲除研究

一體化慢病毒sgRNA產(chǎn)品

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA

  全基因組結(jié)合Cas9和sgRNA，實(shí)現(xiàn)有效的基因敲除和的特異性; 可用作甘油原料和高滴度純化顆粒。

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA陽(yáng)性對(duì)照和試劑盒

  控制一體化慢病毒sgRNA以驗(yàn)證DNA雙鏈斷裂和基因編輯效率。

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  生物信息學(xué)設(shè)計(jì)和驗(yàn)證的一體化慢病毒sgRNA構(gòu)建體不靶向人，小鼠或大鼠基因組中的任何基因。

慢病毒指南RNA

• Edit-R預(yù)先設(shè)計(jì)了慢病毒sgRNA

  保證編輯你的目標(biāo)！算法優(yōu)化的sgRNA，用于人類，小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。提供高滴度的慢病毒顆粒和甘油儲(chǔ)備。

• Edit-R慢病毒sgRNA陽(yáng)性對(duì)照

  針對(duì)特征良好的基因的物種特異性sgRNA，以確定基因編輯條件對(duì)大效率的有效性。

• Edit-R慢病毒sgRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  非靶向?qū)φ找栽谌狈虬刑禺愋詓gRNA的情況下評(píng)估對(duì)CRISPR-Cas9組分的細(xì)胞應(yīng)答

• Edit-R匯集慢病毒sgRNA文庫(kù)

  用于人和小鼠中預(yù)定基因集的高滴度合并篩選文庫(kù)。

• Edit-R陣列慢病毒sgRNA文庫(kù)

  用于高通量敲除篩選的整個(gè)人類基因家族的慢病毒sgRNA文庫(kù)的陣列集合。

定制指南RNA設(shè)計(jì)和訂購(gòu)工具

• CRISPR設(shè)計(jì)工具

  放置自定義指南RNA訂單，或使用我們易于使用的界面設(shè)計(jì)和訂購(gòu)您自己的合成sgRNA，crRNA或慢病毒sgRNA。

HDR捐贈(zèng)者模板設(shè)計(jì)和訂購(gòu)工具

• Edit-R HDR捐贈(zèng)設(shè)計(jì)師 - 寡頭

  設(shè)計(jì)并訂購(gòu)單鏈DNA供體（≤150nt）用于插入，缺失或其他改變。

• Edit-R HDR Donor Designer - 質(zhì)粒

  設(shè)計(jì)并訂購(gòu)用于插入mKate2或EGFP熒光標(biāo)記物或定制插入物的質(zhì)粒DNA供體試劑盒

HDR捐贈(zèng)者模板成套工具

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體試劑盒

  快速且容易地組裝用于HDR的質(zhì)粒供體

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體組件

  快速有效地構(gòu)建HDR供體質(zhì)粒

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體引物

  Edit-R質(zhì)粒供體試劑盒的PCR組件

指南RNA選擇指南

為實(shí)驗(yàn)確定合適的指導(dǎo)RNA類型取決于您的特定實(shí)驗(yàn)或細(xì)胞類型。查看此表中的功能，開始選擇宜指導(dǎo)RNA試劑。

所有Edit-R預(yù)先設(shè)計(jì)的指導(dǎo)RNA（合成的crRNA和慢病毒sgRNA）都設(shè)計(jì)有經(jīng)過驗(yàn)證的算法，以提高功能性敲除的可能性，而不僅僅是雙鏈斷裂（DSB）。

單獨(dú)的位置不是CRISPR靶位點(diǎn)功能的指示

沿著VCP基因的編碼序列的長(zhǎng)度評(píng)估crRNA的功能性表明沒有特定的模式，因?yàn)樗婕巴怙@子位置，增強(qiáng)了設(shè)計(jì)算法表征功能特征的重要性。重組U2OS Ubi [G76V] -EGFP -Cas9細(xì)胞用266種不同的合成crRNA：tracrRNA復(fù)合物轉(zhuǎn)染，靶向VCP基因沿著基因編碼區(qū)的長(zhǎng)度（使用DharmaFECT 4 Transfection Reagent，0.07μg/孔和50 nM合成crRNA） ：tracrRNA終濃度）。72小時(shí)后，使用Envision讀板儀（Perkin Elmer）測(cè)量EGFP熒光。

具有來(lái)自Edit-R算法的高分?jǐn)?shù)的crRNA具有比低評(píng)分設(shè)計(jì)更高的分裂效率

對(duì)10個(gè)基因（藍(lán)色條）具有高功能評(píng)分的10個(gè)crRNA和對(duì)相同基因（黃色條）具有低功能評(píng)分的10個(gè)crRNA通過下一代測(cè)序進(jìn)行編輯測(cè)試。93％的高評(píng)分crRNA和32％的低評(píng)分crRNA顯示> 40％的編輯（插入缺失）。用50nM crRNA：tracrRNA轉(zhuǎn)染Cas9-HEK293T細(xì)胞系，使用0.25μL/孔的DharmaFECT 1.轉(zhuǎn)染后72小時(shí)，裂解細(xì)胞并且每個(gè)處理的細(xì)胞產(chǎn)生跨越每個(gè)crRNA位點(diǎn)的Nextera轉(zhuǎn)座子適應(yīng)的擴(kuò)增子。樣品以及來(lái)自未轉(zhuǎn)染樣品的匹配對(duì)照擴(kuò)增子。使用Nextera 96??孔索引試劑盒對(duì)樣品進(jìn)行索引，并合并用于在MiSeq儀器上進(jìn)行測(cè)序（成對(duì)的末端讀數(shù)，2×300長(zhǎng)度）。通過NGS質(zhì)量過濾標(biāo)準(zhǔn)的讀數(shù)與參考文件（Bowtie2 v2.1.0）對(duì)齊。計(jì)算完整讀數(shù)的百分比并將其標(biāo)準(zhǔn)化為對(duì)照未轉(zhuǎn)染的樣品（Samtools v0.1.12a）; 數(shù)據(jù)顯示為已編輯的標(biāo)準(zhǔn)化百分比。

具有高算法的功能評(píng)分的crRNA在其他功能測(cè)定中也表現(xiàn)良好

將具有整合的Cas9（在CAG啟動(dòng)子下）的U2OS-蛋白酶體細(xì)胞以每孔10,000個(gè)細(xì)胞接種在96孔板中。鋪板后24小時(shí)，使用0.2μg/孔的DF4，用25nM crRNA：tracrRNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞。使用ApoONE均相測(cè)定法（Promega）在轉(zhuǎn)染后48小時(shí)分析細(xì)胞的凋亡。顯示了在ApoONE測(cè)定中靶向BCL2L1，PLK1或WEE1的crRNA功能的箱形圖表示。為了產(chǎn)生箱形圖，基于它們的功能評(píng)分將crRNA分成下半部分（H1）和上半部分（H2）。中位數(shù)，下四分位數(shù)和上四分位數(shù)之間的數(shù)據(jù)分布以及小值和大值表明高得分的crRNA具有增加的功能。